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POLO SCIENTIFICO - SESTO F.NO

 

Lab di Biologia computazionale e dei sistemi  

VIDEO DI PRESENTAZIONE DEL LABORATORIO

 IT 

Lab di Biologia computazionale e dei sistemi  

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ATTIVITA' DI RICERCA 

La nostra attività di ricerca è rivolta allo sviluppo di modelli computazionali e sperimentali per lo studio e la comprensione di fenomeni biologici complessi, incluse le loro dinamiche. Gli argomenti che trattiamo riguardano principalmente la genetica microbica e comprendono:  

  • Interazione tra replicazione del DNA, espressione genica e metabolismo 
  • Comunicazione tra batteri (quorum sensing) 
  • Basi genomiche della resistenza e della produzione di antibiotici 
  • Dinamica delle comunità microbiche
  • Il laboratorio, inoltre, si dedica all’analisi di dati -omici, con particolare riferimento all’ambito della genomica (sequenziamenti de novo, metagenomica e trascrittomica) e della metabolomica (integrazione con modelli metabolici genome-scale) 

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STRUMENTAZIONE PRESENTE  

  • Computational facility: Dell server R7525 
  • Microbial growth facility: chi.bio, open-source robotic platform for experimental automation in biological science research and education 

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DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE 

Il laboratorio è aperto alla collaborazione con altri gruppi di ricerca i cui interessi ricadano nelle aree di ricerca e che prevedano un approccio multi-disciplinare.   

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ANALISI CONTO TERZI 

Il Laboratorio mette a disposizione le proprie dotazioni e competenze scientifiche per l'effettuazione di analisi in conto terzi per: 

  • Analisi di dati da Next Generation sequencing volti alla determinazione:
  • Composizione tassonomica delle comunità microbiche
  • Analisi funzionale delle comunità microbiche
  • Analisi di dati di sequenziamento di genomi microbici volti alla identificazione di specifici cluster genici e/o mutazioni (SNPs).  

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DOVE SIAMO 

Sede: Dipartimento di Biologia

Indirizzo:  

Via Madonna del Piano 6, 50019, Sesto Fiorentino, Italy  

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CHI SIAMO 

Referente:

Marco Fondi 

 Componenti:  
Michele Giovannini
Tania Alonso-Vásquez
Gianluigi Garbini
Francesca Vaccaro 

PER CONTATTARCI : marco.fondi@unifi.it  

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WEB E SOCIAL 

dbefcb.unifi.it 

Social VEDI TUTTI

 

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RESEARCH PROJECTS:  

  • Escaping the ESKAPEs: integrated pipelines for new antibacterial drugs 

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ALTRO: INFO DI ECCELLENZA O ALTRE COSE (opzionale) 

 

prova: Lab di Biologia ed Ecologia Marina e Intertidale B.0.09

 

Ci occupiamo di...

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IT 

 

Lab di Biologia computazionale e dei sistemi 

 

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ATTIVITA' DI RICERCA 

La nostra attività di ricerca è rivolta allo sviluppo di modelli computazionali e sperimentali per lo studio e la comprensione di fenomeni biologici complessi, incluse le loro dinamiche. Gli argomenti che trattiamo riguardano principalmente la genetica microbica e comprendono: 

 

  • Interazione tra replicazione del DNA, espressione genica e metabolismo 
  • Comunicazione tra batteri (quorum sensing) 
  • Basi genomiche della resistenza e della produzione di antibiotici 
  • Dinamica delle comunità microbiche 

 

Il laboratorio, inoltre, si dedica all’analisi di dati -omici, con particolare riferimento all’ambito della genomica (sequenziamenti de novo, metagenomica e trascrittomica) e della metabolomica (integrazione con modelli metabolici genome-scale) 

 

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STRUMENTAZIONE PRESENTE  

  • Computational facility: Dell server R7525 
  • Microbial growth facility: chi.bio, open-source robotic platform for experimental automation in biological science research and education 

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DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE 

Il laboratorio è aperto alla collaborazione con altri gruppi di ricerca i cui interessi ricadano nelle aree di ricerca e che prevedano un approccio multi-disciplinare  

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ANALISI CONTO TERZI 

Il Laboratorio mette a disposizione le proprie dotazioni e competenze scientifiche per l'effettuazione di analisi in conto terzi per: 

Analisi di dati da Next Generation sequencing volti alla determinazione: 

  • Composizione tassonomica delle comunità microbiche 
  • Analisi funzionale delle comunità microbiche 
  • Analisi di dati di sequenziamento di genomi microbici volti alla identificazione di specifici cluster genici e/o mutazioni (SNPs). 

 

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DOVE SIAMO 

    1. Sede: Dipartimento di Biologia 

    2. Indirizzo/i:  

Via Madonna del Piano 6, 50019, Sesto Fiorentino, Italy 

 

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CHI SIAMO 

Referente/i:   

Marco Fondi 

  

Componenti:   

Michele Giovannini  

Tania Alonso-Vásquez 

Gianluigi Garbini 

Francesca Vaccaro 

  

PER CONTATTARCI  

marco.fondi@unifi.it 

 

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WEB E SOCIAL 

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Social:  

(se ci sono social proprietari inserire il link ) 

 

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RESEARCH PROJECTS:  

  • Escaping the ESKAPEs: integrated pipelines for new antibacterial drugs 

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ALTRO: INFO DI ECCELLENZA O ALTRE COSE (opzionale) 

 

EN 

 

Computational and Systems Biology Lab 

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RESEARCH ACTIVITY  

Our research is focused on the understanding of complex cellular phenotypes through the use of computational modelling and experimental procedures. In particular, we are actually focused on general microbial genetics aspects, such as: 

 

  • The interaction between DNA replication and gene regulation/metabolism 
  • Microbial cell-to-cell comunication (e.g. Quorum Sensing) 
  • Genetic bases of antibiotic resistance and production 
  • Dynamics of microbial communities 

 

Our lab is also involved in the analysis of -omics data and, in particular, genomics (de novo genome sequencing, transcriptomics and metagenomics) and metabolomics (integration of metabolomic data with genome-scale metabolic modelling) 

 

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INSTRUMENTATION PRESENT 

  • Computational facility: Dell server R7525 
  • Microbial growth facility: chi.bio, open-source robotic platform for experimental automation in biological science research and education 

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AVAILABILITY FOR COLLABORATION 

The group is open to collaboration with other groups whose interests fall in the research activities and that require a multi-disciplinary approach 

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ANALYSIS FOR THIRD PARTIES  

The Laboratory provides its equipment and scientific expertise to perform analyses for third parties for 

 

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WHERE WE ARE 

1. Department of Biology  

2. Address(es): 

Via Madonna del Piano 6, 50019, Sesto Fiorentino, Italy 

 

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WHO WE ARE 

Responsible(s): 

Marco Fondi 

 

Members: 

Michele Giovannini  

Tania Alonso-Vásquez 

Gianluigi Garbini 

Francesca Vaccaro 

 

TO CONTACT US 

marco.fondi@unifi.it  

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WEB AND SOCIAL 

Website: 

dbefcb.unifi.it 

 

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RESEARCH PROJECTS:  

  • Escaping the ESKAPEs: integrated pipelines for new antibacterial drugs 

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ALTRO: INFO DI ECCELLENZA O ALTRE COSE (opzionale)

Ultimo aggiornamento

18.04.2025

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